2017年度
| 2017.09 | 文部科学省世界トップレベル研究拠点プログラム（WPI）に採択 |
| 2017.10 | 金沢大学ナノ生命科学研究所設立 |
| 2018.02 | 第1回ナノ生命科学研究所国際シンポジウム開催（東京） |
2018年度
| 2018.04 | 研究スペース整備完了 |
| 2018.05 | 理化学研究所 生命機能科学研究センターとの連携協定締結 |
| 2018.11 | 第2回ナノ生命科学研究所国際シンポジウム開催（ロンドン） |
| 2019.01 | Imperial College London（ICL）にサテライト拠点を設置 |
2019年度
| 2019.04 | 福森義宏 新事務部門長就任 |
| 2019.04 | The University of British Columbia（UBC）にサテライト拠点を設置 |
| 2019.05 | 株式会社ニコンインステックとの連携協定締結 |
| 2019.06 | 筑波大学微生物サステイナビリティ研究センターとの連携協定締結 |
| 2019.08 | 第3回ナノ生命科学研究所国際シンポジウム開催（バンクーバー） |
| 2020.01 | 京都大学 物質－細胞統合システム拠点 (iCeMS) との合同シンポジウム開催 |
2020年度
| 2020.04 | 新たに独立研究所として部局化 |
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